Lähdettyään Kansallisbaletista hän osallistui erilaisiin juhlanäytöksiin maailmankuulujen tanssijoiden kuten Maya Plisetskaya, Silvie Guillen, Schauffus, Pere, Marie-Claude Pietragalla ja Julio Boccan kanssa. Hän teki myös yhteistyötä eri yritysten kanssa tehden esiintymisiä näyttelyissä erikoisvieraana tai työskennellen koreografina. Niistä merkittävin on hänen koreografiansa ooppera Carmenissa myyttisellä Verona Arenalla, Summer Flamenco Festival of Tokyo, erilaisia esityksiä New Yorkin Lincoln Centerissä ja esiintyminen Don Quijotessa Ballet Caracasissa.
Suoritettuaan teatteri tutkinnon des Champs-Elyseellä Pariisissa vuonna 1992, Joaquin Cortes perusti oman yrityksen, Ballet Flamenco Joaquin Cortes. Hänen ensimmäinen esitys, Cibayí, kiersi ympäri Espanjaa ja matkusti Japaniin, Ranskaan, Italiaan, Venezuelaan ja Yhdysvaltoihin. Vuonna 1995 Pedro Almodovar valitsi hänet hänen ensimmäiseen elokuva rooliin Flower of My Secret (La Flor de mi Secreto). Myöhemmin, Joaquin loisti kameroiden edessä Carlos Saura teoksessa, jossa hän jakaa näytöksen parhaiden Espanjan flamenco taiteilijoiden kanssa.
Hänen toinen luomuksensa, Gypsy Passion (Pasión Gitana) kantaesitettiin vuonna 1995. Siihen osallistui myös suunnittelijana Giorgio Armani. Pasión Gitana tehtiin eri puolilla Espanjaa, paitsi teatterit, mutta myös härkätaistelu areenoilla. Keikka oli myös menestys Euroopassa. Se oli ensimmäinen tanssiteos joka päätti arvostetun Spoleto Festivalin (Italia).
Vuonna 1997 Joaquin Cortes tallennutti CD:n oman bändin Gipsy Passion Bandin kanssa, jonka hän myös sävelsi itse.
Uusia koreografioita hän teki mm. Pasión Gitanan vuonna 1997, ja jatkoi kiertue elämää Latinalaisen Amerikan alueella ja saavutti suurta menestystä festivaaleilla Sydneyssä, Tokiossa, Kanadassa ja New Yorkissa.
Vuonna 2000 Joaquin Cortes palasi näyttämölle, tällä kertaa pääosassa elokuvassa Gitano (Gypsy), hän jatkoi esiintymisiä mm. Euroopassa, Kiinassa ja Etelä-Amerikassa, sekä hän osallistui Kansainvälisen Viña del Mar laulujuhlan avajaisiin Chilessä vuonna 2001. Tuona vuonna hän aloitti kaksi uutta tuotantoa: Pura Pasión (Pure Passion), joka esitettiin Lontoossa ja Barcelonassa.
Oslossa vuonna 2002, Joaquin Cortes osallistui Nobelin rauhanpalkinnon palkintojenjakotilaisuuteen Oslon Spekrum areenalla.
Cortes palasi elokuvan pariin vuonna 2003 jolloin hän oli päähenkilö elokuvassa "Vanilla and Chocolate", työ on Italialaisen ohjaajan Ciro Ipoliton käsialaa. Kaksi vuotta myöhemmin hän esitteli De Amor y de Odio (rakkauden ja vihan) ja Mi Soledad (yksinäisyyteni) Milanossa ja Meksikossa.
Euroopan parlamentti nimesi Cortesin romaaneiden suurlähettilääksi vuoden 2006 lopussa ja hän piti puheen jota kuvataan "emotionaaliseksi" ja "kovaksi". Jatkaakseen esiintymistä, hän liittyi Jose Carrerasin ja Dulce Pontesin esitykseen Seitsemän uutta ihmettä, joka pidettiin Lissabonissa vuonna 2007. Hänen kansainvälinen maine on johtanut hänen nimitykseen ilmastonmuutoksen suurlähettilääksi. Hänet palkittiin Lunas palkinnolla Meksikossa ja hänelle myönnetään kultamitali "Fine Arts of Spain" nimityksellä, hallituksen toimesta.